有机耕作的主导原则是与自然的和谐，包含的因素主要由人、植物、动物和土地组成。与其他耕种方法不同的是，有机耕作目的在于：在农田形成闭合营养循环，农田建立自身供给和营养基础，保持和增加土地营养，并且在一定程序上保证对动物的福利。有机耕作主要有以下方法：不使用化学物质进行植保，在适应的植物轮作上尽量少选用易受感染品种，选择合适的品种并用物理方式管理，如中耕和燃烧除草，不使用易溶解的矿物质肥料，主要使用有机的含固体氮成分的粪类或复合肥，利用固氮植物（豆科植物类）环保施肥，并且使用缓慢见效的天然肥料，通过集中腐殖质管理保持土壤肥沃，使用多种植物轮作或间作进行多样和长期的植物轮作，不使用对生长有调控和激素作用的合成化学物质。

　　保持有限的，务必与土地关联的储存密度，使用农作物秸秆或青饲料饲养动物，如果可能，几乎不购买饲料，尽量少用抗生素。有机耕作的着眼点在于可持续发展。它在主要范围内保护自然资源，并且对环境有多种积极影响，例如：土壤保护　有机耕作方法促进腐殖质和土壤动植物机制的形成。在有机耕作的农田和草场，通常有比传统耕作地方更多的生物和更强的微生物活动。天然土壤肥沃度也更高，很大程度上避免了由腐蚀产生表土层流失。水资源保护　通常来讲，有机耕作对土壤或地表水的营养剂方面的污染，如硝酸盐，比传统耕作少。因为它避免使用合成化学材料，所以不含那些杀虫剂污染。由于有机畜牧是一项与土地有关联的行为，通常粪肥和泥浆可增加营养成分，将它使用在农田与直接用于植物相比，同样简单。

　　物种保护　有机耕作推进动植物多样化，因为它避免使用合成化学杀虫剂，人工对土壤营养影响程度低。通常情况下，有机耕作农田里物种数量比传统耕作农田里多。动物福利　动物友好型的畜牧与有机耕作的原则相符合，并且是有保障的。在有机耕作中，动物可以有更充足的机会接触自然，对它们的生存环境有利。

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